متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

دانشمند برجسته و ممتاز هسته ئی و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاشهای علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه ی دست اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه ی بخشهائی که وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه ی علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخشهای گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت میگویم و علو درجات او را از خداوند مسألت میکنم.

سیّدعلی خامنه ای

۸ آذر ۱۳۹۹