متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیةالله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه ی علمیه و حوزه ی معارف اسلامی است. ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند. خدمات ایشان در تولید اندیشه ی دینی و نگارش کتب راه گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز و اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه ی میدانهائی که احساس نیاز به حضور ایشان میشد، حقاً و انصافاً کم نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلندمدت است.

اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز میباشم، به خاندان گرامی و فرزندان عالم و صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه ی علمیه تسلیت عرض میکنم و علوّ درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت مینمایم.

سیّدعلی خامنه ای

۱۳ دی ۱۳۹۹