آیت الله مکارم شیرازی، به مناسبت درگذشت آیت الله سیدمحمد رجایی پیام تسلیتی صادر کرد. متن پیام به این شرح است:

خبر درگذشت عالم ربانی مرحوم آیت الله سید محمد رجایی (رحمة الله علیه) موجب نهایت تأسف و تأثر گردید. این عالم فرزانه سالها در نجف اشرف و سالیان دراز در قم به تربیت شاگردان اهتمام داشت و شاگردان با استعداد و فاضل از محضر ایشان کسب فیض نموده، مدارج علم و دانش را با موفقیت طی کردند.

به یاد دارم در دوران اقامت در نجف با ایشان هم بحث بودم، ذوق سرشار و استعداد فوق العادۀ او تعجب آور بود. خدمات او به عالم اسلام و تشیع هرگز فراموش نمی شود.

اینجانب این مصیبت جانکاه را به حوزۀ علمیه، وابستگان، دوستان و به ویژه بیت شریف ایشان، تسلیت می گویم. خداوند روح او را با اجداد طاهرینش محشور گرداند و به بازماندگان صبر و اجر فراوان عنایت فرماید.